Le 26 décembre, la décision du président Amadou Touamni Touré de remplacer toutes les commandants militaires du Nord du pays tombe comme un couperet. Tous les chefs des unités militaires stationnées dans le Nord du Mali ont été mutés, officiellement pour donner du tonus dans la lutte contre AQMI.
Selon des sources à Paris, le président ATT avait surtout peur que les officiers soient tentés par un coup d’Etat militaire sous l’influence des services algériens. En effet, Bamako s’est beaucoup éloigné de l’Algérie en se rapprochant de la France et de la Mauritanie avec lesquels elle a intensifié la coopération sécuritaire au grand dam d’Alger. La décision d’Amadou Toumani Touré ressemble plus, selon des sources bien informées à Bamako, à une opération préventive qu’à un simple remaniement mené dans le cadre des institutions. La principale victime de ce vaste changement est le colonel Alaji Gamou, qui était à la tête d’un commandement spécial dans le Nord. Il a été nommé chef d’Etat-major adjoint du président de la République. Ce qui peut ressembler à une promotion est au fait une destitution qui le place le turbulent colonel sous les yeux d’ATT. En revanche, les pouvoirs du chef d’Etat-major Hamidou Sissoko, un inconditionnel du chef de l’Etat malien, ont été renforcés. Il a également été promu au grade de général. En deux mouvements, ATT a verrouillé l’armée et a déjoué à l’avance toute tentation de mener un coup de force.